Δεν πέρασε απαρατήρητος ο Valentino Rossi ο οποίος με καινούριο κράνος και περίσσια αυτοπεποίθηση πήρε την pole position στην Ιταλία. Ο Ιταλός έδειξε για ακόμα μια φορά το ταλέντο του σημειώνοντας χρόνο 1.48.130, διαλύοντας το παλιό ρεκόρ της πίστας. Η εργοστασιακή Yamaha εμφανίστηκε άψογα προετοιμασμένη για το Mugello. Αυτό που έκανε την έκπληξη ήταν τα ελαστικά της Bridgestone καταλαμβάνοντας τις 3 από τις 4 πρώτες θέσεις με τα qualifier ελαστικά σε έναν τομέα που πάντα υπερτερούσε η Michelin. Χαρακτηριστικό ήταν το καινούριο κράνος του Rossi, το οποίο στο πάνω μέρος του είχε ζωγραφισμένο το πρόσωπο του και όταν κρυβόταν στο fairing της M1 του ήταν σαν να κοίταγε μπροστά, τον κόσμο.

Ο εκπληκτικός, αλλά απ’ ότι φαίνεται όχι τόσο τυχερός, Dani Pedrosa για μια ακόμη φορά έφτασε στην πηγή αλλά δεν ήπιε νερό. Ο Ισπανός εξάντλησε όλα τα qualifier ελαστικά της Michelin και μόλις στην τελευταία του προσπάθεια βρήκε καθαρή πίστα για να οδηγήσει ανενόχλητος. Πλησίασε τον Rossi στα 0,167 αλλά δεν κατάφερε να του χαλάσει το πάρτι.
Μεγάλη εμφάνιση πραγματοποίησε ο Loris Capirossi ανεβαίνοντας στην 3η θέση της κατάταξη. Ο Ιταλός της Rizla Suzuki περίμενε την κατάλληλη στιγμή να περάσει ο Valentino Rossi.Την τελευταία στιγμή, με το πέσιμο της καρό σημαίας ο Casey Stoner ανέβηκε στην 4η θέση της κατάταξης. Ο Αυστραλός δεν είχε τον ρυθμό που έπρεπε στα τελευταία λεπτά του σκέλους.

Ο Nicky Hayden κυνήγησε με μανία μια καλή θέση στη σχάρα εκκίνησης και δικαιώθηκε με την 6η θέση. Ο Αμερικανός, ο οποίος περιμένει τον κινητήρα με τις πνευματικές βαλβίδες πώς και πως, ήταν επιθετικός και δοκίμασε να κάνει την έκπληξη, αλλά έμεινε πίσω από τον συμπατριώτη του Colin Edwards.